内设机构7个，分别为：办公室、政策法规科（行政服务科）、财务审计科、组织编制人事科（宣传培训科）、公路管理科、运输管理科、安全监督科。                                                            （一）办公室。负责综合协调机关政务工作；负责起草重要文件、重要报告等综合性文件；负责公文处理、文书档案、机要保密、会务办理、信息报送、工作督查、建议提案办理、公车管理、政府信息和政务公开、机关安全保卫和机关行政管理等工作；负责制定机关各项制度；负责综合调研工作。
      （二）政策法规科（行政服务科）。负责承担机关规范性文件的合法性审核；负责行政复议、行政应诉等相关工作；负责推进依法行政工作；负责交通运输综合行政执法工作；依法依规实行行政处罚、行政强制、监督检查；负责全市超限超载运输治理工作；负责道路运输管理中的源头治超工作；参与实施交通管制；负责交通运输信用体系建设；指导交通运输系统信访稳定工作；负责承办、转办相关信访稳定事宜，督促检查重要信访稳定事项的处理和落实；接待受理本系统来信来访事宜，协调处理本系统信访稳定突出问题和群体性事件；组织本系统信访稳定评估工作；负责社会治安综合治理工作。负责公共服务事项的受理办理；负责组织实施行政审批有关制度、办法和工作规则；负责“放管服”改革和营商环境建设等工作；负责权责清单工作；负责受理应当由交通运输局履行的所有行政审批服务职能。
      （三）财务审计科。负责财务会计工作;负责专项资金、预决算、政府采购等工作;负责交通运输基础设施建设投融资和资金管理工作;负责对国有资产、财政性投资的运行安全进行监管;负责对局属单位财务工作进行监管；协助有关部门做好局属单位财务审计工作。
      （四）组织编制人事科（宣传培训科）。负责交通运输系统干部选拔任用和日常监督管理、考核奖励、机构编制、教育培训、劳动工资、人事调配、技术职称、人员招录、退役军人安置、出国(境)管理等工作；承担综合交通运输体制改革有关工作；负责有关智力引进和交通运输外事工作；负责行业职工的职业技能培训工作；负责行业精神文明建设和文化建设工作；负责行业职工的思想教育工作；负责理论学习、意识形态、新闻宣传、新闻发布、扫黄打非以及公共信息的收集、处理、发布等工作；负责有关交通运输方面的舆情处置工作；参与行业公众听证、社会调查等工作；负责统战、驻村帮扶、爱国卫生、年鉴史志编纂等工作。
      （五）公路管理科。会同有关部门拟订全市综合交通运输发展政策、组织编制综合交通运输体系规划；负责编制全市交通运输行业中长期总体发展战略规划、年度计划及交通基础设施、市域公共交通、区域综合运输等专项规划并组织实施，承担有关协调工作；组织拟订相关行业发展规划，参与拟订全市物流业发展规划；承担有关规划和建设项目的审核工作；负责拟订全市公路、水路固定资产投资规模和方向、国家、省、郑州市和我市财政性资金安排意见并监督实施；按照规定权限审批核准国家、省、郑州市和我市规划内及年度计划规模内固定资产投资项目；承担公路、水运工程建设项目设计审批；负责全市交通运输基础设施建设市场监督管理工作；落实交通运输基础设施建设的相关政策、制度及技术标准并监督实施；负责交通运输工程招标投标、市场准入、定额和建设的组织管理工作；负责全市交通基础设施管理、质量监督和竣工验收等工作；负责落实公路维护相关政策、制度和技术标准的实施；负责落实公路路政相关政策、制度和技术标准并监督实施；负责全市公路路政管理工作；负责辖区内干线公路网及农村公路网运行监测和协调工作，负责监测分析交通运输运行情况并发布有关信息；负责公路标志标线管理工作；负责公路管理相关工作；负责利用外资、统计工作；负责相关行政审批事项的事前服务、日常巡查和事后监管工作。
      （六）运输管理科。负责组织拟订公共交通建设发展政策、制度和服务标准并监督实施；负责法律、法规、规章规定的城市公共汽电车客运特许经营管理工作；负责重大活动的公交运力保障有关工作；负责公共汽车、出租汽车、汽车租赁等管理工作；负责“全域公交”发展工作；负责与有关部门建立综合交通运输体系协调配合机制，承担涉及综合交通运输体系的相关协调工作；承担全市道路、水路运输管理工作，拟订相关政策、制度和标准并监督实施；负责拟订水路维护相关政策、制度和技术标准并监督实施；负责全市船舶检验工作；会同有关部门做好全市交通运输枢纽管理工作；负责协调对接铁路、航空、邮政等涉及地方有关事项；负责公众出行路况信息服务和咨询工作；负责车辆维修、营运车辆综合性能检测、机动车驾驶员培训管理工作；参与拟订全市物流业发展有关政策和标准，按规定负责道路、水路物流市场有关管理工作；负责拟订交通运输行业科技、信息化政策并监督实施；负责电子政务技术支持工作；负责行业网络安全工作；负责交通运输管理综合信息平台的规划、建设和管理工作；组织协调有关重大科技项目研究；承担行业有关标准、质量和计量工作；负责城市客运及物流等领域新能源汽车的推广应用工作；负责行业节能减排、环境保护等工作；负责相关行政审批事项的事前服务、日常巡查和事后监管工作。
      （七）安全监督科（交通战备办公室）。负责组织拟订全市公路、水路安全政策和应急预案并监督实施；负责有关安全生产和应急管理机制建设；负责全市有关道路、水路运输及运输企业安全生产监督管理工作；负责危险品运输监督工作；负责组织推进行业安全隐患排查治理；负责行业安全宣传教育培训工作；依法组织或参与有关事故调查处理工作；负责组织相关抢险救援工作，组织协调国家和省、市重点物资运输、紧急客货运输；负责防灾减灾、行业反恐、消防安全和重大突发事件处置的组织、协调和指导工作；负责安全信息统计、分析、报送工作；负责组织协调全市春运工作；负责组织协调全市地方交通战备工作，负责国防动员相关工作。
        机关党组织机构按有关规定设置。